7 ans avant Final Fantasy VII .... la suprématie de la Shinra ne fait aucun doute. Son unité d'élite, le SOLDAT, ainsi que ses agents spéciaux, les "Turks", travaillent ensemble pour enrayer les troubles, guerres visibles comme invisibles. Une période de crise s'amorce alors que des monstres issus des manipulations génétiques secrètes de la Shinra terrorisent la planète.
Mais, des disparitions font "trouble fait". Le SOLDAT Génésis, de 1ère classe, déserte les rangs du SOLDAT. Pourquoi ? Et pourquoi emmener des troupes de la Shin-Ra avec lui ?
Peu de temps avant cet événement si "soudain", le professeur Holander venait de déclarer aux informations locales, qu'il allait révéler le passé de la Shin-Ra, et d'un projet dit "G" ! .... Puis le jour de son interview, il ne vint pas. Les deux disparitions sont-elles liées ?
Un seul choix pour la Shin-Ra, enquêter. Serrez-vous à la hauteur de votre réputation ?